Несъответствия в броя на отчетените от машините гласове и броя на гласоподавателите бяха установени в няколко секции в четири области на страната. Районните избирателни комисии са установили несъответствията още при приемането на изборните книжа и са сигнализирали ЦИК. За тези секции има взети решения да бъде прието отчетеното от машината, тъй като, за разлика от предишни избори, при неправилно отпечатване на разписката избирателят няма право да гласува втори път.
На първия тур на президентските избори машините в 14 секции в четири области – Велико Търново, Габрово, Хасково и Видин, са отчели по-малко гласове в паметта, отколкото са подписите на гласувалите избиратели. Така на практика, на фона на ниската избирателна активност и малката разлика между първите двама кандидати, тези гласове остават изгубени. Централната избирателна комисия и „Информационно обслужване“ са сигнализирани за проблема. Според районните избирателни комисии в областите, в които са установени липсващите гласове, става въпрос за софтуерен проблем с машините или за по-ранно издърпване на контролната разписка, преди машината да е дала сигнал. Не е ясно обаче как ще бъде гарантирано отчитането на всички гласове на балотажа в неделя.
