Миналогодишният победител в Гран При на Малайзия Алекс Маркес победи брат си Марк и завоюва полпозишъна за тазгодишното издание на надпреварата край Куала Лумпур. За по-малкия от братята Маркес това е първа спечелена квалификация от миналогодишното издание на Гран При на Каталуния.
Пилотът на Грезини Дукати беше най-бърз и в двете излизания на пистата в рамките на втората фаза на квалификацията, като в крайна сметка я спечели с обиколка за 1:56.493. С нея той победи с 0.070 секунди своя брат, а тройката с пасив от 0.084 оформи Педро Акоста с КТМ.
Ай Огура ще оглави втората редица пред Марко Бедзеки и Фабио Ди Джанантонио, а Енеа Бастианини, Йоан Зарко и Франко Морбидели ще поделят третия ред. Франческо Баная не успя да се пребори за четвърти пореден полпозишън на „Сепанг“, след като завърши на 0.794 зад Алекс Маркес и ще стартира десети пред Жоан Мир и Маверик Винялес, които бяха най-бавни във втората част на квалификацията.
В края на първата фаза Зарко оглави класирането с 1:57.341 и аванс от 0.211 пред Баная, което класира двамата за решителните 15 минути на битката за полпозишъна.
