Ако изследване установи анемия, обикновено се търси кръвозагуба, недостиг на желязо или грешка в хранителния режим. Понякога обаче причината се оказва нарушение в стомашната лигавица. Човек може да се храни пълноценно и въпреки това постепенно да изчерпва железните си запаси, а по-късно да развие и дефицит на витамин B12. Зад тези нарушения може да стои автоимунен гастрит, който е рядко заболяване. При него имунната система уврежда клетките на стомаха.
Имунният отговор при това хронично възпалително заболяване е насочен срещу структурите на париеталните клетки. Тези клетки са разположени основно в тялото и дъното на стомаха и изпълняват две много важни функции: произвеждат солна киселина и отделят вътрешен фактор (специфичен белтък), необходим за усвояването на витамин B12. Продължителното автоимунно възпаление постепенно води до загуба на тези клетки и стомашната лигавица атрофира. В резултата на това солната киселина намалява и по този начин се затруднява усвояването на желязото от храната. Това е особено валидно за нехемовото желязо, което се съдържа в растителните продукти. Именно затова при част от пациентите първата проява на заболяването е понижаване на феритина и развитие на желязодефицитна анемия.
