На 12 ноември 1897 г. Дунавската флотилия е разделена, а във Варна е създадена Морска част с щаб в града Преди Варна да стане постоянен център на българския военен флот, неговото начало е поставено на брега на Дунав. На 12 август 1879 г. в Русе е основана Дунавската флотилия и Морската част. В нейния състав влизат плавателни съдове, предадени на Княжество България след Освобождението, а с тях започва изграждането на военноморска организация на новата държава.
Осемнадесет години по-късно тази обща структура е разделена. На 12 ноември 1897 г. княз Фердинанд издава Указ № 40, публикуван в „Държавен вестник“, бр. 264 от 28 ноември същата година. С него Флотилията и Морската част са обособени като Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част с щаб във Варна.
„Дунавска флотилия с щаб в Русе и Морска част с щаб във Варна“
Тази формулировка отразява промяна, която има значение далеч отвъд административното разделяне. Варна вече получава собствено военноморско формирование и започва да се утвърждава като главна база на флота по Черноморието. Историческите изследвания и Военноморският музей приемат 12 ноември 1897 г. за начало на Военноморска база – Варна. Датата е по стар стил и съответства на 24 ноември по нов стил.
